Hallo,
in den alten SW4-Versionen wurde der Ioncube-Loader nur bis Version 5 erkannt. Das wurde mit Shopware 5.0.1/5.0.2 behoben.
Aber generell ist das nur ein falscher Hinweis, wenn Ioncube korrekt installiert ist, sollte auch alles funktionieren.
Grüße
Moritz