“Ich habe über den Scriptinstaller aus dem cPanel aktualisiert.” heißt konkret was?
Das ist ja kein Teil in Shopware, keine Ahnung was das Tool da macht.
Ich würde dir wie gesagt zu einem sauberen Backup raten.
Ansonsten kannst du probieren nochmal das Update-Paket neu hochzuladen, auf dem Server zu entpacken und das Update nochmal auszuführen.
Update-Paket: http://releases.s3.shopware.com.s3.amazonaws.com/update_5.5.1_d9e440b141186b6ee91b2f6e6a98a37455c5e2ce.zip
Danach: https://community.shopware.com/Shopware-aktualisieren-updaten_detail_1878.html#Update_per_Browser