Wenn du selbst an den tpl-Dateien für die Rechnung und Lieferschein in deinem Theme nichts geängert hast, also Blöcke erweitert oder verschoben brauchst du das ganze nicht in dein Theme kopieren, die Änderungen die du im Backend unter Shopeinstellungen > PDF-Belegerstellung machst werden nur in der Datenbank gespeichert und haben mit den Daten auf den Server erst mal nichts zu tun bzw. schreiben die Daten auf den Server nicht um.
Die erstellten Rechnungen, Lieferscheine usw findest du im Ordner „/files/documents“ ,kannst da aber nicht erkennen welche Datei was zugeordnet ist.
Uwe