Die Frage ist ziemlich unspezifisch. Was für Dateien/Ordner möchtest du vom Überschreiben schützen? Und wieso wollt/müsst ihr überhaupt Dateien schützen, wenn ich keine Änderungen im „Core“ gemacht habt?
In der composer.json könnt ihr Versionen fixieren. Ansonsten das Update über ein CLI User machen, der auf bestimmte Ordner keine Schreibrechte hat.