Der Fehler kommt wohl dann, wenn man die Migration zweimal versucht zu starten, ohne das System nach dem ersten fehlerhaften Versuch auf das ursprüngliche zurückzusetzen (also den Backup erst einspielen, dann neuer Versuch). Sie auch diesen Beitrag dazu https://forum.shopware.com/t/shopware-6-4-0-update-error/87365/55