Können die im Store gekauften Plugins geändert und angepasst werden? Sind sie verschlüsselt?
Nein, Plugins sind nicht verschlüsselt.
Ob die Lizenz das zu lässt weiß ich nicht, vermutlich.
Änderungen im Plugin selbst werden mit einem Plugin Update überschrieben. Je nach Änderung lohnt es sich ggfs. mit einem eigenen Plugin das gekaufte Plugin zu überschreiben.