Hallo in die Runde,
ich habe das gleiche und leicht erweiterte Problem:
Ich habe dieses Tutorial nachgekocht: Shopware 6 - Tutorials und FAQs - Einrichtung Footer und Servicemenü
Die Shopware Community Version ist aktuell. Das Template ist das Standardtemplate.
Im Shop Menü habe ich die Einstiegspunkte vergeben:
Katalog #1 als Einstiegspunkt der Hauptnavigation mit 3 Ebenen
Footernavigation als Einstiegspunkt für Footernavigation
Servicenavigation als Einstiegspunkt für Servicenavigation
In den Kategorien sind als erste Subkategorie unter den 3 Hauptkategorien jeweils Strukturelemente definiert (als Beschriftung / Menü und darunter wieder Subkategorien, die als Shopseite definiert sind.
Diese sind dann mit Hauptnavigations- oder Footernavigations-Einstiegspunkt versehen.
Das Ergebnis:
Egal was ich einstelle: alle Menüpunkte von Katalog#1 erscheinen in allen Menüs,
die Footernavigation und Servicenavigation erscheint nirgends.
Obwohl ich überall alles definiert habe. Alle gewünschten Kategorien sind aktiv, das Tutorial ist komplett nachgebaut und funzt eben nicht so, wie gedacht.
Ich bin mittlerweile am Ende meine Weisheit 
hat jemand einen Tipp oder einen Hinweis?
Ist das ein bekannter Fehler?
Vielen Dank!
Beste Grüße, Gunther
Edit: ich habe aus Spaß mal den Shopeinstiegspunkt auf meine Footernavigation geändert, es hat nichts geändert, es werden immer noch die menüpunkte von Katalog#1 angezeigt. Browser Cache gelöscht. Wenn ich die Kategorien selektiv deaktiviere, erhalte ich sofort bei reload eine Änderung angezeigt… hier hat sich was richtig verschluckt…