Toric: da in Deinem Webspace auch noch 5 Joomla Instanzen neben den 2 Shopware Shops installiert sind, solltest Du Dir die access- und error-logs dieser Domains auf jeden Fall auch näher anschauen. Da alle Domains mit dem gleichen Systembenutzer laufen, kann es auch durchaus sein, dass die hohe Last durch diese Instanzen verursacht wird.
VG