Wenn man eine Domain bereits im Shopwareaccount registriert hat, den Shop (da es in meinem Fall nur eine Testinstanz war, daher auch kein Backup) dann auf dem Server gelöscht hat (incl. der Verifikations-HTML-Datei) und neu aufsetzt, steht man (zumindest ich) erstmal vor der Frage, wie man denn den aktuellen Shop wieder mit dem Store und dem Shopwareaccount verknüpfen kann. Die Verifikations-HTML-Datei kann im Shopwareaccount nämlich nicht mehr gezogen werden und im Shopwareaccount kann die Domain auch nicht gelöscht und neu verknüpft werden. Hier dankenswerter Weise die Lösung vom Shopware Support, die ich gerne hier poste, falls nach mir noch wer anders vor der gleichen Frage steht:
Loggen Sie sich in Ihrem Admin ein und klicken Sie auf Einstellungen > System > Shopware Account. Hinterlegen Sie dort die Lizenzdomain domain.de.
Die Verifikationsprüfsumme kann frei bleiben.
Loggen Sie sich anschließend über Erweiterungen > Meine Erweiterung im Shopware Account ein. Dabei werden die Lizenzen abgeglichen.