Da würde ich zunächst die Schreib- und Leserechte auf dem Server prüfen. Die können sich natürlich auch mit einem Update ändern, je nachdem wie das Update auch durchgeführt wird. Am besten mal prüfen wer der Besitzer des genannten Ordners ist und diesen Rekursiv auf den Besitzer des PHP-Prozesses ändern au fdem Server.
- Sowas sollte ja eigentlich nicht passieren wenn man das Update über das Backend einspielt!