Ich hänge mich hier auch einmal dran, da ich anscheinend ein ähnliches Problem habe. Das aktivieren und deaktiveren von Plugins funktioniert nicht mehr, ebenso wie das Update. Es ist mir nicht ganz ersichtlich, welche Rechte wo liegen sollen. Die Ursprungsinstallation wurde via Composer durchgeführt. Falls jemand einen Tipp oder eine Lösung hat, würde ich mich freuen.