Ich habe jetzt auf einem anderen Server, auf dem ich die Serverkonfiguration selbst anpassen kann, getestet.
max_allowed_packet in der my.cnf maximieren (z.B. 1G)
wait_timeout in der my.cnf maximieren (z.B. 28800)
interactive_timeout in der my.cnf maximieren (z.B. 28800)
dann per CLI
php -d memory_limit=4G bin/console sw:warm:http:cache -c -b 100 -p
Es brät und brät … und läuft jetzt den schicken Warmup-CLI-Statusbalken hoch: 25 Tage (!!!) solls dauern 
… Da mach ich mir zwischenzeitlich mal einen Tee. Falls das tatsächlich durchlaufen sollte, wäre ein munteres “Cache löschen” sinnfrei, zumal per Cronjob eigentlich jede Nacht der Cache gelöscht und neu aufgebaut werden sollte.