Die Fehlermeldung kommt, weil du schon einmal ein Update versucht hast und dann ein Backup eingespielt hast. Das Backup muss in eine Leere Tabelle, sonst bleiben die Tabellen die bei einem Updateversuch angelegt werden bestehen und machen dann beim 2. Versuch probleme. Du hast quasi das Update mit einem “Misschstand”, irgendwo zwischen 5.5 und 5.6 gestartet.
Wenn du jetzt noch ein Backup von vor deinem ersten Versuch hast, kannst du das nehmen. Ansonsten wird es kompliziert, man muss quasi bei jeder Fehlermeldung die Tabelle die dort genannt wird als “already exists” löschen und dann nochmal das update starten, bis man durch ist.