Oftmals spielt ein Backup nur die gesicherten Tabellen ein und alles das, was neu ist, bleibt erhalten. Ist natürlich nicht so gut.
Kommt etwas auf dein Hosting an, wie du das am besten machen kannst. Ich würde entweder in PHPMyAdmin alle Tabellen löschen (durch die Foreign Keys muss man dann 2-3x alle markieren und dann löschen) oder eine komplett neue DB anlegen und dort das Backup reinpacken. Danach die config.php anpassen für die neue DB.