Das ist ein Problem mit den Schreib-/Leserechten. Die Datei darf nur für den Webserver/PHP lesbar sein. Am besten die Besitzrechte der Dabei überprüfen und dann die korrekten Zugriffsrechte (readable) setzen. 0777 ist zu offen und macht Probleme.
Hat wenig mit Shopware zu tun, sondern mehr mit den Besitzrechten unter UNIX. Bei Vagrant weiß ich allerdings nicht, ob es da einen eigenen User gibt, oder ob die einzelnen Prozesse auch unterschiedliche User haben (bspw. Apache, PHP, …).