Registrierung Checkout "Business Customer" --> Netto?

Die Frage ist was du erreichen willst.

Einfach nur die Ausgabe von Nettopreisen + MwSt. oder soll keine MwSt. ausgewiesen werden?
Das Setting an der Kundengruppe sagt nur, ob der Preis Netto oder Brutto angezeigt wird, nicht ob MwSt. ausgewiesen wird oder nicht.

MwSt. Befreiuung definierst du bei den Ländern. Dort kannst du sagen “Steuerfrei für Unternehmen” oder “Steuerfrei”. Das ist komplett unabhängig von der Kundengruppe und hat damit auch nix zu tun. 

Typischerweise hat man für beides eine Kundengruppe und die Firmenkunden bekommen bei Angabe der Ust.ID die Befreiung.