@edin Ist doch in 5 min. selber geschrieben 
Aber anstatt alles reinzuschreiben, würde ich einfach alles ignorieren, bis eben auf die Plugin und Theme Ordner. Also bspw.
# Ignoriere alles, bis auf den Plugin & Themes Ordner
*
!.gitignore
!engine/Shopware/Plugins/
!themes/
Hier auch mehr dazu: http://stackoverflow.com/questions/5241644/using-gitignore-to-ignore-everything-but-specific-directories