Hi,
in der Konsole kannst du folgenden Befehl ausführen:
./bin/console sw:snippets:to:db --include-plugins
Allerdings importiert der *alle* Snippets neu.
Ansonsten könnte ich mir auch vorstellen, dass es an der Version des Migrations-Tools liegt - zumindest war ich bis gerade der Meinung, dass das nur bei alten Versionen so war 
Daniel