Es waren am Ende die Crossselling Artikel die aus irgendeinem mir nicht erkenntlichen Grund nicht migrieren konnte. Ich habe in Shopware 5 einfach die s_articles_relationships Tabelle geleert und schon lief die Migration sauber durch. Jetzt muss man halt in SW6 das Crossselling nachpflegen - aber lieber so als garnicht 