das problem hatte ich auch. am ende war es dann so, dass man unter safari das sw favicon gesehen hat und unter allen anderen browsern meines. erst ab checkout war überall mein favicon zu sehen.
selbst unter meinem neuen shopsystem tauchte noch anfänglich SW auf
ist zwar schon etwas spät aber hier ist noch keine Antwort dazu und wir hatten die gleichen Probleme.
Hierfür müsst ihr einmal das favicon.ico in eurem /public Ordner ändern.
Dort liegt die von Shopware und bleibt auch dort liegen und die Browser haben damit Probleme.