Hallo,
CSS- und JS-Dateien müssen nicht mit https und http im Source-Code verlinkt sein, um nur den Checkout verschlüsselt anzuzeigen. Es reicht vollkommen, diese relativ zu verlinken - ohne Protokollanweisung und ohne Domain. Shopware macht dies eigentlich automatisch und der modernizer sollte in web/cache liegen. Überprüf dein Theme und setze die Links auf die JS-Dateien ohne Domain.
Die ngnix Regeln für einen Redirect von http auf https sollte dir dein Hoster sagen können, vor allem, wie/wo Du die ngnix-Konfig bearbeiten kannst. Achte darauf einen 301 Redirect einzustellen.