Hallo macimum3012,
zunächst würde ich dir empfehlen die CSS über das Backend einzubinden. Weil die CSS so in jedem Fall in der richtigen Reihenfolge in das Template geladen wird.
Ich vermute dass im Quelltext Deiner Seite die von dir in der header.tpl eingebunde CSS Datei vor und nicht nach den Standard CSS Files von Shopware geladen wird. Zumindest würde das erklären warum nur ein Teil der CSS funktioniert. (weil der andere Teil von den Shopware Standards überschireben wird)
Siehe hier: CSS/Tutorials/Einstieg/Kaskade – SELFHTML-Wiki
Gruß RobKot