Habe frische Shopware 6 6.3.2.0 gehabt, bei mir lief das Update so durch.
Dh. er löscht dieses, während er das Update durchführt?
Sieht aus, als wenn das alles sein könnte… hast du berechtigungen von Verzeichnissen andes als Default?
Welche Umgebung hast du?
(meine: Debian 10, PHP 7.3.19, Apache/2.4.38, MariaDB 10.3.23, Krnl Debian 4.19.132-1 (2020-07-24) x86_64)