Wir stolpern da auch gerade drüber. Wir arbeiten an einem Admin-Modul, mit dem für eine Liste von Produkten ausgewählte Varianten angelegt werden können.
Dort können auch Varianten gelöscht werden. Sobald eine Variante schon verkauft wurde, gibt es den besagten Fehler.
In dem Ticket scheint ja 6.2.1 als Ziel anvisiert. Hat jemand bis dahin ggf. ein Workaround?
Die product_id und reference_id im order_line_item auf NULL setzen ist vermutlich ne schlechte Idee? 
(falls das überhaupt geht über die API)