Oh ja, das Problem kenne ich. Ich hatte einige Versuche die Version 5.5.10 auf 5.6.2 zu bringen.
Für mich hat es den Eindruck, dass das Update schon einmal gelaufen ist und jetzt Fragmente in der
Datenbank vorhanden sind (nur meine Annahme)
Cool wäre ein SQL Script welches den DBStand zwischen 5.5.10 und 5.6.2 löscht.
Ich hatte versucht eine original Struktur 5.5.10 im meiner Testumgebung zu erzeugen musste aber aufgeben da zu viele
Plugins schon Veränderungen an Tabellen vorgenommen hatten…
Für einen Kenner wahrscheinlich eine Kleinigkeit!
Final bin ich immer noch auf 5.5.10 
Viele Grüsse
Jörg