Habe den Habu aus diesem Beitrag https://forum.shopware.com/discussion/57487/magento-zu-shopware-migration-fehlende-daten-z-b-zuordnung-zu-kundengruppen#latest angeschrieben und gefragt wie er die Probleme gelöst hat.
Er hat mir diesen Link mit einer von Ihm angepassten Version des Migrations-Tool zugesendet: https://github.com/geekazoid-at/SwagMigration.
Damit scheint alles was ich bisher getestet habe zu funktionieren.
Danke Habu <3