Guten Morgen @kanuma!
$this->render zu nutzen ist garnicht so verkehrt. Dann aber bitte lieber $this->renderStorefront, macht im Prinzip das Gleiche, wirft aber noch ein Event dazu. 
Bezüglich der Navigation:
Extende bitte einmal von der Datei @Storefront/base.html.twig.
Generell gilt es hier aber dazu zu sagen, dass das im Standard häufig noch ein bisschen anders gelöst wird.
Wenn dein Controller selbst auch in mehrere Bereiche aufgeteilt ist (Eine Übersicht, eine Detailansicht, …), extenden wir meistens nicht direkt von der o.g. Datei, sondern erst von einer Art “Fundament” Datei, die von allen Templates des Controllers genutzt wird.
Diese “Fundament” Datei stellt quasi die grobe Struktur der Controller Templates dar.
Hier mal am Beispiel des Account Controllers. In der ersten Zeile wird von einer _page.html.twig extended. Und das passiert bei allen Account Templates.
Und eben jenes _page Template extended dann erst von der base.html.twig.
Das Naming zieht sich so konsequent durch. Wenn du nun aber einen Controller hast, der eh nur einen Bereich kennt und rendert (bspw. Detailseite), ist das natürlich überflüssig.
Hilft das irgendwie weiter? 
Gruß,
Patrick 