Wie soll das funktionieren? Das Parent-Theme sollte immer $injectBeforePlugins = true sein und das Child-Theme dann $injectBeforePlugins = false. Sobald das Parent erst nach den Plugins kommt, kann das Child ja nicht mehr davor kommen.
Eine typische Struktur wäre:
ParentTheme abgeleitet von Responsive = injectBeforePlugins true
Plugins
ChildTheme abeleitet von ParentTheme = injectBeforePlugins false
Das Standard-Theme des Shops sollte also immer vor den Plugins eingebunden werden und alle Änderungen die Plugins überschreiben dann halt im ChildTheme gemacht werden.