Da ich heute auch mit Pluginmanager-Pipifax zu kämpfen hatte und diesen Thread hier gesehen habe:
Vielleicht ist das Verhalten des Plugin-Managers letztlich auf ein einzelnes Plugin zurückzuführen. So war es bei mir.
Die Fehlermeldung war allgemein, das war anfangs aufdiefalschefährtelockend.
Testen könnte man es, indem man (am besten in einem Klon/Testumgebung) die Verzeichnisse
/engine/Shopware/Plugins/Local
und
/engine/Shopware/Plugins/Community
kurzzeitig umbenennt, jeweils das Basckend und dann den Pluginmanager neu startet (gerne nacheinander) und somit eineAussage darüber bekommt, ob es aus einem dieser Verzeichnisse stinkt. Wäre zumindest eine Variante, um nicht an einem unerwarteten Verursacher vorbeizulaufen. Erfahrungswert 
Gruß und feines Wochenende!
E