du kannst der API nicht sagen lösche alle Produkte mit einer Changetime < X. Du kannst aber einfach ein Query an die DB senden (via phpmyadmin oder im Script) und dann diese Liste via PHP Script abarbeiten:
SELECT id FROM `s_articles` WHERE changetime <= '2016-01-01 13:37:00'
CSV File in PHP Script einbinden oder wenn es nur wenige Produkte sind händisch in ein Array packen. Danach einfach über eine foreach Schleife ausführen:
//Init des Clients etc.
foreach($my_csv as $id){
$client->delete('articles/'.$id);
}