Habt ihr bei der Ausführung ein Time- bzw. Memory Limit definiert?
bin/console messenger:consume --time-limit=60
Als Beispiel, damit wird nach der definierten Zeit die Ausführung unterbrochen. Wenn Ihr das nun alle 120 Sekunden via Cronjob antriggert, wird die Message Queue nach und nach abgearbeitet. Ohne Zeitlimit läuft der Prozess unendlich bis der Server es irgendwann stoppt.
Damit wirst du aber Probleme haben, wenn du per API Produkte anlegst - LIMIT 1 am Ende des SELECTS hilft. 
Ich habe leider genau das gleiche Problem. Artikel mit vielen Varianten lassen den kompletten Speicher volllaufen, bzw. hängen sich auf.
Leider bin ich Laie, kannst du mir sagen wo die Datei liegt in die du diese Änderung eingebaut hast? Mir ist bewusst, dass ich damit den ganzen Shop crashen kann, aber ich finde leider keine andere Lösung.
Zu dem Thema hatte ich ja schon in unterschiedlichen Posts geschrieben. Zuletzt in https://forum.shopware.com/t/performance-optimierung-indexierung/72250/45 Da ich mit dieser Problematik schon länger in unterschiedlichen Konfigurationen zu tun hatte und habe, hat sich das Geschriebene nur bestätigt. Ohne „externe Lösung“, also nur mit SW-Bordmitteln bekommst Du das dauerhaft nicht in den Griff. Kannst ja mal bei @marco.steinhaeuser anfragen. Der hatte vorgeschlagen, wenn sich ausreichend Interessierte und Mitwirkende finden würden, ein Repo für eine Pluginlösung aufzumachen, an welchem dann alle mitarbeiten könnten. Auf welchem Stand das aktuell ist, weiß ich nicht.