Hast du vielleicht noch ein anderes, altes Plugin aktiv?
Ansonsten mal testweise den Eintrag aus der s_core_menu rauslöschen und dann das Update machen.
@ Dreamland - Wie hast du es gelöst ? Habe exakt das gleiche Problem. Hast du Paypal Express gelöscht oder den Eintrag in der Datenbank entfernt ? Ich denke mal Paypal Express ist nicht mehr notwendig, wenn das aktuelle Payapl Plugin installiert ist.