Wie kann ich die Meldung dauerhaft vermeiden?
Nahezu gar nicht. Es kann immer mal ein Fehler auftreten. Wenn du nicht komplexere Routinen zur Fehlerbehandlung implementierst, dann werden die Messeges unter umständen im Messenger bleiben bzw. der Counter einen falschen Wert anzeigen.
Erst mal schauen, dass Cronjobs eingerichtet sind und fehlerfrei laufen.
Dann die Messeges, die nicht abgearbeitet wurden per Datenbank ansehen. Dann ggf. löschen oder falls keine existieren den Counter zurücksetzen.
Geht einfach mit dem FroshTool.
Was sagt denn die Warteschlange dazu? Aber wie @Max_Shop schon erwähnt, mal deine Cronjobs prüfen ob die korrekt für die SW6 Version (da gibt es Unterschiede) eingestellt sind. Steht alles in der SW Doku.