Hallo,
siehe die offizielle Updateanleitung von Shopware selbst: http://community.shopware.com/_detail_1878.html/#Update_per_Browser . Im Prinzip räumt Shopware nach dem Update selbst auf, sofern die richtigen Ordnerrechte gesetzt sind.
Eigentlich sollte der Shop auch nicht erreichbar sein, solange es den Ordner update-assets noch gibt (deswegen sollte er auch nach einem Update gelöscht werden). Die Zip-Archive kann man ansich auch nach dem Update löschen.
Grüße
Sebastian