Ich ging auch erst von einem anderen Plugin aus, allerdings war es die Reihenfolge, in der die Templates verarbeitet wurden.
Bei der Standardreihenfolge verarbeitet SW5 folgendermaßen:
Bare => Responsive => Plugins => Custom Theme
Set 5.1.2 kann man die Reihenfolge mit folgender Zeile in der Theme.php anpassen:
protected $injectBeforePlugins = true;
(gefunden in: http://forum.shopware.com/discussion/32198/ladereihenfolge-von-template-informationen-falsch ), damit wird es dann:
Bare => Responsive => Custom Theme => Plugin