Ich würde in Git nur Sachen packen die Du entwickelst. Also Dein Theme und ggf. Deine Plugins.
Fremd-Plugins, Core etc. nicht. Diese Sachen kommen Original und sollten auch so bleiben.
Die Shopkinfiguration musst Du auf der Datenbank-Ebene syncen.
+1 . Löse ich aktuell auch so. Mit dem neuen Plugin-System wird es evtl. etwas „eklig“, da du Drittanbieterplugins immer auf die gitignore setzen musst. Hier wird es mal Zeit, dass man Eigenentwicklungen wieder woanders ablegen kann. (z.B. über die config.php mehrere Plugins-Dirs angeben, welche der Plugin Manager einbezieht.)
Die komplette Shopware Installation zu versionieren halte ich für nicht besonders praktikabel. Das bläht die Repo auf, der Kunde kann nicht einfach den Plugin-Manager benutzen ohne, dass es zu Konfilkten kommt, etc. pp.)