Hallo,
ich habe die Lösung gefunden. Falls es mal jemand benötigt, man kann die Assoziationen filtern. In meinem Fall folgendermaßen:
$criteria->getAssociation('crossSellings.assignedProducts')->addFilter(
new EqualsFilter('product.visibilities.salesChannelId', $context->getSalesChannel()->getId())
);
Es werden dadurch nur die Cross Selling Produkte angehangen, die im aktuellen SalesChannel sichtbar sind.
Viele Grüße, Frank