Habe es selbst gelöst: Niemals Hauptdomain (per 3x ARecord) und zugleich Subdomain (per CNAME) mit dem Shop verbinden (auch wenn der Support dies sagt). Denn es ist für den Support bei der Cloudlösung nicht möglich, auf die einzelne Installation zuzugreifen. Daher kann auf dem Server direkt auch keine interne 301-Weiterleitung von Subdomain auf Hauptdomain eingerichtet werden.
Lösung: Beim Domainprovider die Subdomain direkt auf die Hauptdomain umleiten und die Subdomain im Storefront löschen und im Shop-System ebenfalls löschen.
Sind zwei Domains mit dem Shop verbunden, wird sämtlicher Content doppelt erstellt.
Über die Domains am Sales-Channel legst du fest, über welche Urls deine Seiten erreichbar sind. Wenn du dort mehr als eine Domain hinterlegst, kann dies duplicate content verursachen. Wie du schon schreibst, macht es Sinn auf Serverseite diese Domains auf eine Domain umzuleiten um nicht in dieses Problem zu laufen.
Es ist aber nicht zwangsweise duplicate Content, da es hier auf die Konfiguration ankommt. Wenn jede Domain die gleiche Sprache ausliefert, dann ist das so, wie du schreibst. Wenn du pro Domain eine andere Sprache auslieferst und auch pflegst, hast du natürlich keinen Duplicate Content. Die Konfiguration macht also Sinn, man muss sie nur mit bedacht einstezen.
Redirects würde ich persönlich immer außerhalb der Software machen, alleine schon aus Performance-Gründen. Die sind schneller, wenn du die auf Provider-Seite machst. Deswegen ist das eigentlich auch die optimale Lösung das direkt auf der Domain-Seite zu machen.