Habe es selbst gelöst: Niemals Hauptdomain (per 3x ARecord) und zugleich Subdomain (per CNAME) mit dem Shop verbinden (auch wenn der Support dies sagt). Denn es ist für den Support bei der Cloudlösung nicht möglich, auf die einzelne Installation zuzugreifen. Daher kann auf dem Server direkt auch keine interne 301-Weiterleitung von Subdomain auf Hauptdomain eingerichtet werden.
Lösung: Beim Domainprovider die Subdomain direkt auf die Hauptdomain umleiten und die Subdomain im Storefront löschen und im Shop-System ebenfalls löschen.
Sind zwei Domains mit dem Shop verbunden, wird sämtlicher Content doppelt erstellt.