Es gibt nach wie vor Plugins, die effektiv nur kleinere Sachen am Theme ändern - da braucht es kein extra Theme Plugin.
Zum App System: Da geht ja prinzipiell schon einiges mehr, als „nur“ Themes.
Geht ja auch um Komptenz und allen Shopware Kunden was bieten zu wollen - ich glaube nur, dass sich das an manchen Stellen eben mit dem „alten“ System beißt.