Du kannst unter https://modernizr.com/ deinen eigen build erstellen und herunterladen. (du kannst dort die features anklicken, die du einbinden willst; standardmäßig nutzt das Responsive Theme diese: Modernizr Download Builder).
die heruntergeladene Datei benennst und platzierst du am besten in deinem Theme-Ordner unter frontend/_public/src/js/vendors/modernizr/modernizr.mycustom.js (dateinamen kannst du frei wählen).
anschließend legts du eine neues Template datei an, falls diese in deinem Theme noch nicht existiert: frontend/index/header.tpl.
erweitere das Standard Template (ich gehe davon aus dass du weißt wie das geht)
und füge dann diesen Block ein:
{block name="frontend_index_header_javascript_modernizr_lib"}
{if !$theme.asyncJavascriptLoading}
{/if}
{/block}
Das sollte funktionieren. Allerdings müsstest du bei updates schauen, dass das wieder die aktuelle Version eingebunden wird. Insofern ist es eher ein Workaround.