Hallo Michael,
in der Shopware Standard Installation ist keine robots.txt im Hauptverzeichnis enthalten - die robots.txt wird über das Template generiert. Die entsprechende Template Datei findest Du unter /themes/Frontend/Bare/frontend/robots_txt/index.tpl
Per FTP kannst Du die Verzeichnisse nicht vergleichen, die URLs werden von Shopware über den SEO Router dynamisch generiert, d.h. die Verzeichnisse aus Deinem Beispiel existieren bis auf /media in Deiner Verzeichnisstruktur nicht.
Viele Grüße aus Dortmund
dogado shops (ehemals AIXPRO)