Ok habe es gelöst. In den Dokus / Howtos wird ja (wie oben erwähnt) ein zusätzliches storefront Verzeichnis angegeben
{% sw_extends '@Storefront/storefront/layout/header/logo.html.twig' %}
Bei meiner Shopware Installation gibt es das aber (noch) nicht.
Evtl. kommt das mit der neuen Shopware Version, aber das sollte dann in den Dokus stehen
@Storefront geht ja direkt auf views - dort befinden sich dann aber schon layout > header
Entsprechend habe ich die Datei im Plugin-Verzeichnis jetzt auch nicht mehr in
sw6root/custom/plugins/myPlugin/src/Resources/views/storefront/layout/header
sondern
sw6root/custom/plugins/myPlugin/src/Resources/views/layout/header