Kategorie-Url manchmal mit ID davor: www.deinshop.de/123/shopware.php...

Ist der Seitenquelltrxt bei den Produkten besonders groß? Meine sowas ähnliches passiert, wenn bspw. viele base64 Bilder im Quellcode sind und die links dadurch nicht alle geparsed werden können. Kann aber auch sein, dass das nicht das Problem bei dir ist.