Hi Daniel,
erstmal ein dickes Danke für deine Mühe, deine Erfahrungen und Probleme mit der Migration hier zu teilen 
Das Problem mit den Produkten die nicht in der Kategorie sichtbar sind, ist bekannt und kommt daher, dass nach der Migration eine Vollindexierung der DAL-Entitäten von Nöten ist. Da ein Produkt nochmal indexiert wird, wenn man es speichert, wurde es dir dann auch angezeigt, als du die Verkaufseinheit und Grundeinheit angegeben hast. Wir haben gerade eine neue Version des Shopware Migrationsassistent released (Version 0.10.1), indem die Indexierung automatisch im Hintergrund angestoßen wird, sodass die Produkte nach der Migration auch in der Storefront sichtbar sein sollten. (Hinweis: Die Indexierung erfolgt im Hintergrund, daher kann es nach der Migration ein paar Minuten dauern, bis die Produkte in der Storefront sichtbar sind)
Das Problem mit den Staffelpreisen ist ein Core-Problem, welches identifiziert wurde und in der nächsten Platform-Version gefixt ist. Danke für die Meldung des Fehlers.
Berichte gerne weiter über deine Erfahrungen mit der SW6 Migration.
Gruß
Krispin