Also 50K Varianten ist natürlich ne Ansage! Respekt. 
Ich habe ein paar Produkte mit knapp 5000 Varianten und das läuft eigentlich ganz fix und ohne Probleme. Sets angelgt und Preisaufschläge einmal angelgt. So kann man sich das dann immer alles preislich neu gestalten. Und das dauert in der Regel nur ein paar Sekunden. Aber klar, die Administration des Ganzen erfordert schon etwas Gedul und Nerven, klar. Nur eins verstehe ich an Deine Frage nicht ganz: Du willst Varianten, sagst aber auch gleichzeitig, das Du sie doch nicht in jeder Kombi benötigst!? 