Vermutlich funkt da ein Plugin oder ein Custom Theme zwischen, dass sich nicht an die Konventionen hält, sodass der Block, den das PayPal Plugin erweitert, komplett von dem Theme/Plugin überschrieben wird.
Du könntest mal auf das Default Theme umstellen und nach und nach alle Plugins deaktivieren und schauen, ob dann irgendwann im DOM das PayPal Javascript auftaucht. Zwischendurch jedes Mal den Cache leeren nicht vergessen.
Viele Grüße aus Schöppingen
Michael Telgmann