Das “Steuerfrei” Flag in den Bestellungen sagt nur, ob überhaupt MwSt. ausgewiesen wird. Alles andere hängt da eigentlich an der Kundengruppe.
Du könntest für sowas eine neue Kundengruppe anlegen die auf Bruttopreise steht und entsprechend die Rechnung neu erstellen, wenn ich dich richtig verstanden habe.