Hallo,
du musst nirgendwo im Store einstellen, ob das Plugin nach der alten oder neuen Struktur gebaut wurde - wäre ja auch vollkommen sinnlos, da ein Plugin für ältere Shopware Version nach der alten Struktur und für die neuen Shopware Versionen nach der neuen Struktur gebaut sein kann. Das erkennt der Store selbst.
Hast du das ZIP genauso wie den Ordner benannt? Also MeinPlugin.zip, das einen Ordner MeinPlugin mit einer PHP-Datei MeinPlugin.php enthält (inklusive plugin.xml)? Wahrscheinlich hast du da den Fehler und deshalb erkennt er das Plugin nicht, das es nach der neuen Struktur entwickelt wurde.
Andernfalls hilft auch Google und die Forumssuche, siehe: https://forum.shopware.com/discussion/39956/code-review-failed-beim-hochladen-einer-neuen-plugin-version-im-store .
Grüße
Sebastian