Falls es jemanden interessiert, hier ist die Lösung:
In der Definition der update Methode sieht man, dass man den Defaultwert an der 7. Position übergibt:
public function update(
$table,
$columnName,
$unifiedType,
array $data = [],
$newColumnName = null,
$updateDependingTables = false,
$defaultValue = null
In meinem Beispiel würde ich das Boolean Attribut durch folgenden Code per default auf true setzen:
$service->update('s_categories_attributes', 'my_display_top', 'boolean', [
'label' => 'In Top Navigation anzeigen',
'displayInBackend' => true
],null,false,true); //last element is default value
Viel Spass
Jens